C’est un musée consacré à l’histoire de l’immigration en Amérique, de l’arrivée des premiers immigrants à nos jours. Parmi les différentes sections, celle appelée "Through America’s Gate" illustre les différentes étapes que suit un immigré jusqu’à l’obtention d’un visa d’entrée.

Sur l’île, on peut également voir un mur appelé l'American Immigrant Wall of Honor sur lequel sont gravés les noms de plus 500 000 immigrés dont celui de l’arrière grand-père de George Washington.

Plusieurs millions de citoyens américains peuvent retrouver leurs racines grâce au musée d’Ellis Island. Au second étage, dans l'immense Registry Room, on peut encore voir les bancs des inspecteurs.